杀菌剂的使用方法有多种，每种使用方法都是根据病害发生的规律设计的。常见的使用方法主要有：对田间地上作物喷药，土壤消毒和种菌消毒三种。
针对田间作物喷药，影响杀菌剂田间防病效果的因素也不外乎药剂、环境、作物三个方面，但杀菌剂在施用技术上比杀虫剂和除草剂的施用技术要求更高，尤其要充分了解病害的发生和发展规律，因为病害的发生和发展不象虫害和草害那样一目了然。
对田间农作物喷药要注意两点：首先是药剂的种类和浓度。药剂种类的选择决定于病害类型，所以先要作出正确的病害类型诊断，然后才能对症下药。如稻瘟病可选稻瘟净、稻瘟灵、三环唑等，小麦白粉病、锈病要选三唑醇、三唑酮等，花生叶斑病要选甲基硫菌灵等。但还应注意的是同样的病若发生在不同的作物上，有时也不能用同一种药剂，如波尔多液可防治霜霉病，但易对白菜产生药害，故不宜防治白菜霜霉病。药剂的种类选择后，还要根据作物种类及生长期、杀菌剂的种类和剂型、环境条件等选择合适的施用浓度。
提高杀菌剂效果的方法：
合理配置浓度
无论是水剂还是可湿性粉剂，在喷雾前都需要对水稀释。不同的杀菌剂使用浓度都有要求，因此要严格按照说明书进行配比，合理的配置浓度更有利于杀菌剂发挥效用。如果随意配比，浓度过高会对作物造成药害；浓度过低达不到防治要求。
适宜喷施时间
喷施杀菌剂的时间与防治效果有直接关系，喷施过早会造成药剂浪费，且降低防治效果；过迟病原物已经对作物造成危害。因此，需要根据不同病害发生的规律、预测预报以及具体情况，及时用药。一般来说，杀菌剂的用药时间可选择在发病前或发病初期。
提高用药质量
杀菌剂的用药质量包括用药数量、用药次数和喷药质量。用药数量要适宜，用药过多会增加成本和造成药害，过少又达不到防治效果，因此按照具体情况进行增减。用药次数可视药剂残效期和天气情况而定，一般每隔10-15天喷施一次，共喷2-3次。如施药后遇雨，则需补喷。提高用药质量的方法有喷药时雾点均匀细密，喷遍植株茎干和叶片。
严防药害
杀菌剂造成药害的原因有很多，药剂本身、作物敏感度不同、作物的成长阶段和气候条件都会对其造成影响。一般来说，水溶性较强的、作物在幼苗期和孕穗开花阶段，高温干旱、雾重高湿等情况下产生药害的机率较大，因此，需要谨慎处理。